Biaya kuliah di Politeknik Negeri Jember menggunakan sistem Uang Kuliah Tunggal (UKT) dengan besaran yang sudah ditentukan pihak perguruan tinggi berdasarkan Surat Keputusan Direktur.
Penentuan Uang Kuliah Tunggal di Politeknik Negeri Jember mengacu pada Peraturan Menteri Riset, Teknologi, Dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor 39 Tahun 2017 tanggal 6 Pebruari 2017 tentang Biaya Kuliah Tunggal Dan Uang Kuliah Tunggal Pada Perguruan Tinggi Negeri Di Lingkungan Kementerian Riset, Teknologi, Dan Pendidikan Tinggi.