Politeknik Negeri Jember awal berdirinya dimulai adanya program pemerintah untuk mengembangkan pendidikan politeknik di Indonesia pada tahun 1980. Ide munculnya pendidikan Politeknik Pertanian berasal dari pemikiran konsorsium ilmu-ilmu pertanian pada tahun 1983, dan ditindaklanjuti dengan pembukaan Politeknik Pertanian di 6 kota yaitu: (1) Jember (2) Lampung (3) Payakumbuh (4) Samarinda (5) Ujung Pandang (6) Kupang. Konsep pembangunan Politeknik Pertanian dilaksanakan secara embrional dan struktural dititipkan kepada Universitas Negeri setempat yaitu: Universitas Jember, Universitas Lampung, Universitas Andalas, Universitas Mulawarman, Universitas Hasanudin dan Universitas Nusa Cendana. Selanjutnya untuk memantapkan realisasi rencana pendidikan Politeknik Pertanian di kota Jember, Konsultan dari Asian Development Bank (ADB) Dr. Robert Maxwell dan Ir. Arifin dari Departemen Pendidikan dan Kebudayaan dan didampingi oleh Tim dari Universitas Jember yang dipimpin oleh Ir. Soehardjo Widodo, MS melakukan studi kelayakan secara mendalam di wilayah Kabupaten Jember.

Proses pembangunan sarana dan prasarana Politeknik Negeri Jember dimulai pada tahun anggaran 1986/1987. Persiapan sumber daya manusia ditetapkan oleh Dirjen Dikti melalui keputusan nomor: 43/DIKTI/KEP/1987 tanggal 1 September 1987 yang mengangkat pengelola, Ir. Soetrisno Widjaja sebagai Direktur serta dibantu masing-masing oleh Ir. Setiadji sebagai Pembantu Direktur bidang Akademik dan Drs. Achmad Sugianto Pembantu Direktur bidang Administrasi dan Keuangan. Agar dalam pengelolaannya dapat mendapatkan hasil maksimal, maka tahun 1987 konsultan akademik dari BERT ENAREC mengirim seluruh pengelola guna studi banding ke Lincoln College dan Chrischuh Polytechnic di New Zealand selama 6 bulan. Setelah melalui berbagai tahapan dan proses persiapan sarana penyelenggaraan pendidikan seperti: lahan, gedung, peralatan, dosen dan tenaga penunjang lain, Dirjend Dikti melalui keputusannya nomor 219/D/T/1988 tanggal 29 Oktober 1988 membuka Politeknik Pertanian Universitas Jember dengan 3 jurusan dan 5 program studi yang terdiri dari:

Dalam perjalanannya, Politeknik Negeri Jember telah berkembang dan saat ini memiliki 9 Jurusan, 36 Program Studi dan 3 Kampus diluar domisili.

Sesuai dengan Peraturan Pemerintah Nomor 30 Tahun 1990, bahwa politeknik merupakan salah satu perguruan tinggi yang menyelenggarakan pendidikan profesional harus terpisah dan berdiri sendiri, maka setelah melalui tahapan-tahapan beberapa politeknik yang tergabung dengan universitas induknya memisahkan diri, demikian juga dengan Politeknik Pertanian Negeri Jember memperoleh kemandirian berdasarkan keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor: 234/O/1998 tanggal 21 September 1998 dan keputusan Senat Universitas Jember Nomor: 5919/PT32.H/E/1997 tanggal 1 Oktober 1997 tentang Kemandirian Politeknik. Dalam rangka pengembangan potensi institusional akademik dan kualitas sumberdaya manusia, maka Politeknik Pertanian Negeri Jember menjadi Politeknik Negeri Jember berdasar keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor: 191/O/2002 tanggal 5 Nopember 2002.

Sesuai dengan tujuan dari program pembangunan pendidikan tinggi yang implementasinya paling menonjol dilaksanakan berupa kegiatan pemerataan dan perluasan akses pendidikan tinggi dengan memprioritaskan kepada kelompok masyarakat yang miskin, tetapi mempunyai potensi belajar pada perguruan tinggi dan daerah terpencil yang kemampuan ekonominya rendah dan mempunyai potensi belajar, sehingga Politeknik Negeri Jember dapat menunjang keberhasilan program perluasan jenjang/program pendidikan sebagai pengembang ilmu pengetahuan dan teknologi. Pengembangan pendidikan vokasi dengan menjawab kebutuhan pasar, maka Politeknik Negeri Jember memfasilitasi eksistensi program vokasi berbasis unggulan untuk industri, nasional, dan multi nasional. Disisi lain terdapat adanya pengembangan program studi yang ada pada Politeknik Negeri Jember, terkait dari kerjasamanya antara Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi dan Politeknik Negeri Jember khususnya mengenai pemerataan dan kapasitas daya tampung mahasiswa sebagai persyaratan utama menuju BHPT sebagai perguruan tinggi otonom, akuntabel, dan bersifat nirlaba. Oleh karena itu, Politeknik Negeri Jember memacu langkah dan mengupayakan kreativitas sesuai program Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi mengenai sosialisasi program khusus, dengan jalan pengembangan program studi yang lama untuk dikembangkan ke dalam program khusus sesuai potensi didaerah yang ada dan kebutuhan pasar.